高自費科別「開業醫師」執行業務所得的「自費收入」，往往是國稅局查稅重點，根據過往國稅局查稅經驗，茲歸納下列七種「高自費診所」的漏稅型態 …
國稅局會依往年查核經驗，及納稅人於綜所稅結算申報檢附之醫療費用收據，參考報章雜誌、媒體、網路資訊，並蒐集「醫療院所」向健保署申請費用之相關資訊，憑以分析執業收入是否合理！
常見以「私聘助理」名義，將部分個人所得轉作助理費，轉出的助理費，最後仍回流至本人帳戶，藉此降低所得稅的課稅級距；或將自費收入轉至人頭帳戶，其間已牽涉違反「稅捐稽徵法」之逃漏稅捐罪，及「洗錢防制法」之特殊洗錢罪。
利用依政府規定「標準支領的加班費」免納所得稅的優勢；甚至彼此雙方為節省「勞健保費」及勞退提繳，順勢低報薪資，其差額則以現金支付；此類漏稅型態，往往因後續發生勞資爭議，而浮上檯面。
虛偽「不實捐助款項」給相關協會或機構，於取得捐款收據後，對方會將款項匯回「醫師個人帳戶」，或利用研究計畫名義，再將款項回流醫師個人帳戶，此作為也涉犯刑法之業務侵占，及違反「稅捐稽徵法」之以不正當方式逃漏稅捐罪嫌。
意圖以繳較低的營業稅及營所稅，規避較高之個人所得稅；被查核時，將因無法舉證該公司「確實提供管理諮詢服務」之具體事證，而被追補稅款，往往交易對象單一或集中，且難以自圓其說。此作為亦涉犯「稅捐稽徵法」之以不正當方式逃漏稅捐，及商業會計法。
與診所內之受僱醫師虛立合夥契約，再將診所盈餘「按契約比率」予以分散，以規避適用較高之稅率，進而減少其應負擔之稅捐，查核後，將依獨資經營型態核定所得，除補徵逃漏稅款並處以罰鍰外，恐遭依「稅捐稽徵法」移送偵辦刑責，其間若涉及「現金隱匿」及掩飾，又觸犯「洗錢防制法之特殊洗錢罪」。
依法「醫療勞務」免徵營業稅。但其他如：皮膚科診所兼營「保養品銷售」、牙醫診所兼營「牙齒清潔用品銷售」、眼科診所兼營「眼鏡銷售」，及動物醫院「銷售寵物用品」或提供「寵物美容服務」等，均應辦理稅籍登記，並課徵營業稅。
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